1、抗生素滥用：现如今养鸡业滥用抗生素的情况比较常见，而这种做法会破坏鸡群的肠道菌群，降低鸡肠道的消化吸收能力。

2、霉菌毒素：正所谓霉菌毒素是万病之源，如果鸡群饲喂的饲料霉菌毒素超标，肠道首先受到伤害，然后免疫力大幅下降，各种疾病也就随之而来了。

3、饲料问题：有些养鸡户饲喂给鸡群的饲料，不但营养差，而且难以吸收。比如那些粗纤维含量太高，维生素缺乏的饲料，就会破坏肠道内壁。

4、换料问题：有经验的养鸡户在鸡群换料的时候是不会着急的，比如需要5天完成换料的情况下却3天就换完了，养鸡户是省事儿了，鸡的肠道可受不了啊。

5、饮水问题：鸡群饮用的水如果不卫生，水源不洁净，微生物超标，也会直接伤害肠道，造成拉稀腹泻。

6、环境问题：养鸡的环境不好，各种细菌、病毒和有害微生物在鸡群周边广泛存在，不仅对鸡群肠道是个威胁，对整个养鸡事业都是很大的风险。

7、疾病因素：肠道菌群失调、球虫、坏死性肠炎等各种肠炎肠毒、轮状病毒和呼肠孤病毒病、肌胃炎和腺胃炎等鸡病，都会直接或间接的影响鸡群肠道健康。