1、肠道菌群失调笼养肉鸡肠道菌群失调，临床上主要表现为泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便；饮水量增加。发生菌群失调时，肉鸡生产性能或不受影响，或使采食量减少，进而影响生长；脚病较常见。使用抗生素药物后，有时稀便可恢复正常，但以后的整个生长期内仍然易感，不能形成永久免疫力，病因不除，仍会复发！2、球虫笼养肉鸡由于在笼子内生长、粪便定期清理，相对地面平养与网养来说接触粪便的机会较少，得球虫病的机会也较地养与网养较低。但是，对于连续多年笼养的肉鸡场来说，由于笼具、笼架、刮粪板上鸡粪的清洗、消毒不彻底，对球虫的防治还是要高度重视。3、坏死性肠炎引起坏死性肠炎的因素很多，但产气荚膜梭状芽孢杆菌是导致坏死性肠炎的一种普遍存在的厌氧性微生物。当肉鸡感染亚临床型球虫病，饲料中淀粉和蛋白质的含量过高，使用部分小麦、大麦和燕麦等代替玉米作为能量饲料等情况下，产气荚膜梭状芽孢杆菌能在肠道中繁殖，产生毒性较强、肉鸡敏感的α毒素而致病。